Perguruan Tinggi merupakan salah Instansi yang menghasilkan banyak arsip, termasuk dokumen akademik, administratif, keuangan, kepegawaian dan Tri Dharma Perguruan Tinggi di dalamnya. Karena banyaknya Unit dan Lembaga didalamnya sehingga diperlukan pengelolaan arsip yang efektif dan efisien dalam rangka melakukan pelayanan yang prima dalam menjaga akuntabilitas, efektifitas dan efisiensi dari segi pelayanan dan pengelolaan. Pengelolaan arsip yang baik bertujuan untuk menjaga keamanan, integritas, dan ketersediaan informasi. Salah satu langkah untuk mencapai pengelolaan arsip yang baik adalah dengan melakukan Pemusnahan Arsip sesuai prosedur Peraturan Kepala ANRI No. 37 Tahun 2016. Penyusutan arsip yang sudah tidak bernilai guna lagi dan telah habis masa retensinya akan mencegah kehilangan data penting, selain daripada itu pelayanan arsip menjadi lebih mudah karena arsip yang telah dinilai dan berketerangan musnah menurut JRA IAIN akan disusutkan, hal ini tentunya akan mempermudah Arsiparis maupun Pengelola Administrasi dalam melakukan pelayanan arsip menjadi lebih prima sehingga terhindar dari penghilangan maupun pemusnahan arsip yang dilakukan diluar prosedur kearsipan.

Penyusutan arsip yang salah satu diantaranya adalah pemusnahan arsip, merupakan proses penting dalam pengelolaan arsip di Perguruan Tinggi. Kegiatan ini bertujuan untuk memusnahkan arsip yang tidak lagi dibutuhkan dan sudah melampaui jangka waktu retensi.

Pemusnahan arsip di lingkungan IAIN Kudus sudah dilakukan sesuai dengan regulasi kearsipan  Undang-Undang No. 43 Tahun 2009 tentang Kearsipan, Peraturan Pemerintah No. 28 Tahun 2012 tentang Pelaksanaan Undang-Undang Kearsipan.

Arsip yang akan diajukan usul musnah didata lebih dahulu dengan membuat daftar arsip usul musnah oleh Arsiparis Ahli Pertama di fungsi Unit Kearsipan di bawah Biro AUAK, untuk proses selanjutnya dinilai oleh Arsiparis Ahli Muda, kemudian setelah arsip dinilai dilakukan Rapat Penilaian Arsip yang komposisinya terdiri dari unsur Pimpinan, Pimpinan dari Unit yang mengusulkan usul musnah, serta arsiparis didalamnya.

Setelah selesai seluruh tahapan yang harus dipenuhi, mewakili Dr. H. Masmin Afif, M.Ag selaku Kepala Biro Administrasi Umum, Akademik dan Kemahasiswaan, H. Farid Al Zasal, S.Ag, S.S. selaku Kepala Bagian Umum dan Layanan Akademik pada Biro Administrasi Umum, Akademik dan Kemahasiswaan memimpin Simbolik Pemusnahan Arsip., disaksikan Kepala Satuan Pengawasan Internal Hj. Ida Vera Sophya, M.Pd dan Perwakilan dari bagian Organisasi, Hukum dan Kepegawaian Muh. Asdig Fanani, S.Sos. Selain itu acara Simbolik Pemusnahan Arsip juga dihadiri oleh masing-masing perwakilan Fakultas, Lembaga dan Unit selaku penanggungjawab di masing-masing unit yang dipimpinnya serta Perwakilan Arsiparis dari unit yang mengajukan permohonan pemusnahan arsip.

Dalam rapat penilaian usul musnah tahun 2024 ini IAIN Kudus telah melakukan usul musnah sebanyak 2638 nomor Arsip dari 10 unit di lingkungan IAIN Kudus, dan hasil dari rapat persetujuan pemusnahan arsip, terdapat beberapa arsip yang dipertahankan mengingat dengan pertimbangan tertentu perlu ditambah masa simpannya. Selain itu ada beberapa arsip yang tercatat termasuk katagori Arsip Statis karena dinilai Permanen. Arsip dengan kategori tersebut selanjutnya disimpan di Depo Arsip IAIN Kudus.